Да, у меня раньше так и было. Одна заметка = один атом. Но со временем это все эволюционировало и стало немного другим. Добавились всякие интересные вещи.
Например заметка так и остается атомарной, однако встроена в канву более крупной заметки, соединенной общей темой. Вот для примера конспект по книге Nudge, в целом вся заметка про архитектуру выбора. В отрыве от общего повествования смысл сильно размывается, а так получается вполне себе ничего.
Идея подобной организации пришла из org-roam, где есть одна заметка, внутри которой можно писать сколько угодно заметок. В случае с обсидианом, я ссылаюсь не не всю заметку, а на конкретный подзаголовок. Так что для меня атомарность решилась подобным образом.
Она как бы есть, но существенно проапгрейженная.