Я пока не дорос до использования всяких фреймворков, МОКов и т.д. Но что я активно пользую, это aliases в Obsidian. Таким образом, я ставлю заметкам такие имена, по которым их потом легко найти. По названиям и aliases я могу найти почти всё. Ctrl + O и погнали. Перекрывает 99% моей навигации. 0.9% у меня покрывается использованием тегов. В оставшихся 0.1% у меня всё-таки полнотекстовый поиск. Но когда я нашёл нужную заметку, я её переименовываю, или добавляю alias, или хотя бы тег, так чтобы полнотекстовый поиск и не требовался больше.
К сожалению, Obsidian не имеет полнотекстового индекса для моментального поиска, и плагинов таких я тоже не нашёл. На форуме Obsidian вяленько поднимают вопросы про полнотекстовые индексы, но не вижу массового интереса, поэтому думаю, что разработчики не отреагируют.
У меня сейчас в хранилище около 40000 заметок, разбивать на отдельные хранилища я бы очень не хотел. Для таких хранилищ, полнотекстовый поиск был бы хорошим подспорьем. Хоть садиться и писать плагин самому…